Вестник Нижегородского университета им. Н.И. Лобачевского. Серия: Социальные науки

16+

Название статьи

ВЛИЯНИЕ СЕРОКОНВЕРСИИ НА ИЗМЕНЕНИЯ В УЧАСТКЕ HVR1 БЕЛКА Е2 ВИРУСА ГЕПАТИТА С

Номер журнала	2
Дата выпуска	2012

Раздел

МИКРОБИОЛОГИЯ И ЭПИДЕМИОЛОГИЯ

Тип статьи	научная статья	Коды УДК	578.57.015.3
Страницы	14-19	Ключевые слова	вирусный гепатит С, квазивиды, HVR1, сероконверсия, дивергенция

Авторы

Астраханцева Ирина ВладимировнаКампо ДавидНовиков Виктор ВладимировичХудяков Юрий Евгеньевич

Место работы

Астраханцева Ирина Владимировна Нижегородский госуниверситет им. Н.И. Лобачевского
Кампо Давид Центр по контролю и предотвращению заболеваний, г. Атланта, США
Новиков Виктор Владимирович Нижегородский госуниверситет им. Н.И. Лобачевского
Худяков Юрий Евгеньевич Центр по контролю и предотвращению заболеваний, г. Атланта, США

Аннотация

Влияние сероконверсии на изменения в участке HVR1 вируса гепатита С было исследовано в изолятах восьми пациентов. Оценены гетерогенность вирусной популяции, частота аминокислотных замен и влияние положительного селекционного давления на вирусную популяцию. Для определения специфического анти-HVR1 IgG ответа были использованы пептиды вариантов HVR1, выявленных в изолятах пациентов.

Загрузить статью

Библиографический список

1 . Alter M. Epidemiology of hepatitis C virus infection // World J. Gastroenterol. 2007. V. 13. № 17. P. 2436–2441.
2 . Choo Q., Kuo G., Weiner A., Overby L., et al. Isolation of a cDNA clone derived from a bloodborne non-A, non-B viral hepatitis genome // Science. 1989. V. 244. P. 359–362.
3 . Alberti A., Chemello L., Benvegnu L. Natural history of hepatitis C // J. Hepatol. 1999. V. 31. Supp1. P. 17–24.
4 . Maheshawari A., Ray S., Thuluvath P.J. Acute hepatitis C // Lancet. 2008. V. 372. № 9635. P. 321–332.
5 . Afonso A.M., Jiang J., Penin F., Tareau G., et al. Nonrandom diatribution of hepatitis C virus quasispecies in plasma and peripheral blood mononuclear cell subsets // J. Virol. 1999. V. 73. № 11. P. 9213–9222.
6 . Penin F., Combet C., Germanidis G., Frainais P., et al. Conservation of the conformation and positive charges of hepatitis C virus E2 envelope glycoprotein hypervariable region 1 points to a role in cell attachment // J. Virol. 2001. V. 75. № 12. P. 5703–5710.
7 . Farci P., Shimoda A., Wong D., Cabezon T., et al. Prevention of hepatitis C virus infection in chimpanzees by hyperimmune serum against the hypervariable region 1 of the envelope 2 protein // PNAS. 1996. V. 93. № 26. P. 15394–15399.
8 . Shimizu Y.K., Igarashi H., Kanematu T., Fujiwara K., et al. Sequence analysis of the hepatitis C virus genome recovered from serum, liver, and peripheral blood mononuclear cells of infected chimpanzees // J. Virol. 1997. V. 71. № 8. P. 5769–5773.
9 . Erickson A.L., Kimura Y., Igarashi S., Eichelberger J., et al. The outcome of hepatitis C virus infection is predicted by escape mutations in epitopes targeted by cytotoxic T lymphocytes // Immunity. 2001. V. 15. № 6. P. 883–895.
10 . McAllister J., Casino C., Davidson F., Power J., et al. Long-term evolution of the hypervariable region of hepatitis C virus in a common-source-infected cohort // J. Virol. 1998. V. 72. № 6. P. 4893–4905.
11 . Farci P., Shimoda A., Coiana A., Diaz G., et al. The outcome of acute hepatitis C predicted by the evolution of the viral quasispecies // Science. 2000. V. 288. № 5464. P. 339–344.
12 . Ramachandran S., Xia G.L., Ganova-Raeva L.M., Nainan O.V., Khudyakov Y. End-point limiting-dilution real-time PCR assay for evaluation of hepatitis C virus quasispecies in serum: performance under optimal and suboptimal conditions // J. Virol. Methods. 2008. V. 151. № 2. P. 217–224.
13 . Kraytsberg Y., Khrapko K. Single-molecule PCR: an artifact-free PCR approach for the analysis of somatic mutations // Exp. Rev. Mol. Diagn. 2005. V. 5. № 5. P. 809–815.
14 . Kosakovsky S., Frost S. Datamonkey: rapid detection of selective pressure on individual sites of codon alignments // Bioinformatics. 2005. V. 21. № 10. P. 2531–2533.
15 . Nei M., Li W. Mathematical model for studying genetic variation in terms of restriction endonucleases // PNAS. 1979. V. 76. P. 5269–5273.
16 . Schneider S., Roessli D., Excoffier L. ARLEQUIN version 2000: Software for population genetic data analysis // Genetic abd Biometry Lab< Dept of Anthrtopology. University of Geneva, 2000.
17 . Bandelt H., Forster P., Rohl A. Median-joining networks for inferring intraspecific phylogenies // Mol. Biol. Evol. 1999. V. 16. № 1. P. 37–48.
18 . Bull R.A., Luciani F., McElroy K., Gaudieri S., et al. Sequential bottleneck drive viral evolution in early acute hepatitic C virus infection // PLoS Pathogens. 2011. V. 7. № 9.
19 . Edwards V.C., Tarr A.W., Urbanowicz R.A., Ball J.K. The role of neutralizing antibodies in hepatitis C virus infection // J. Gen. Virol. 2012. V. 93. № 1. P. 1–19.
20 . von Hahn T., Yoon J., Alter H., Rice C., et al. Hepatitis C virus continuously escapes from neutralizing antibody and T-cell responses during chronic infection in vivo // Gastroenterology. 2007. V. 132. № 2. P. 667–678.
21 . Pfafferott K., Gaudieri S., Ulsenheimer A., James I., et al. Constrained pattern of viral evolution in acute and early HCV infection limits viral plasticity // Plos ONE. 2011. V. 6. № 2.